Na hrázi rybníka Hejtman stojí barokní zámek postavený v roce 1710 na místě původní gotické tvrze. K zámku přiléhá krajinářsky významný rozsáhlý park s množstvím exotických stromů a keřů a se sochami z 18. a 19. století. Významnou architektonickou památkou je barokní kostel Nanebevzetí Panny Marie tyčící se na návrší nad městem. Křížová cesta spojuje kostel se zámkem.

Rybník s řadou ostrovů přecházející ve východní části v rozsáhlé slatiniště, 1 km jihozápadně od obce Lutová. Rybník s mohutnou hrází porostlou starými duby a výtopou s ostrovy, litorálními porosty a slatiništi s cennými rostlinnými a živočišnými společenstvy. Je zde vysoká koncentrace hnízdících vodních druhů ptáků. Okolím rezervace vede naučná stezka okolo Třeboně a červená turistická značka z Chlumu u Třeboně.

Přeplavovaná niva soutoku dvou lesních potoků 2 km východně od Chlumu u Třeboně u osady Pele. Niva dvou meandrujících potoků s četnými malými tůněmi se specifickou flórou a faunou. Území svým charakterem nemá v Třeboňské pánvi obdobu. Přírodní rezervace Pele byla na tomto území vyhlášena v roce 1994 a přístup je možný např. od stejnojmenné osady po vozové cestě směrem na jih.

edaleko Chlumu u Třeboně se při státní hranici ČR a Rakouska rozprostírá na území CHKO Třeboňsko hladina Staňkovského rybníka. Rozlohou sedmý největší rybník v ČR vznikl přehrazením Koštěnického potoka u vsi Staňkova (podle ní získal i své jméno). Založil ho v roce 1550 rybníkář, který v polovině 16. století vybudoval na panství Krajířů z Krajku pozoruhodnou soustavu rybníků, Mikuláš Ruthard z Malešova. Rybník se původně jmenoval Soused, později dostal jméno Velký Bystřický. Má zemní sypanou hráz 14 m vysokou a 160 m dlouhou. Za ní je vodní nádrž o obsahu 6,6 mil. m krychlových vody, jejíž plocha má rozlohu 241 hektarů. Hloubka vody v rybníce dosahuje v některých místech téměř 10 m. Šest kilometrů dlouhý rybník o obvodu 21 km odvodňuje 124 km čtverečních sběrného území. Jeho severovýchodní břeh je součástí státní hranice s Rakouskem. Dostupné autem po celý rok.

Rybník s rašeliništěm ve výtopě, 3 km západně od Chlumu u Třeboně je chráněn jako národní přírodní památka. Jde o lesní rybník se zrašelinělými zátokami ve východní části. Ve zrašelinělých okrajích, teré jsou často přep­lavovány vodou z rybníka, se vyskytují významné populace ma­sožravých rostlin.Rybník je soukromém vlastnictví a probíhá zde méně intenzivní rybniční hospodaření. V době vyhlášení hladinu pokrývala společenstva vzplývavých rostlin s velkou populací leknínu bělostného, která byla vlivem intenzivního rybářského obhospodařování silně zredukována. V devadesátých letech došlo k částečnému poškození vegetace i působením herbicidů. Lokalita je přístupná po lesní cestě vedoucí po hrázi rybníka.

Přírodní rezervace Meandry Lužnice se rozkládá severně od obce Majdalena a je součástí CHKO Třeboňsko. Tato oblast byla vyhlášena přírodní rezervací v roce 1994, zaujímá rozlohu 90,24 ha a je v nadmořské výšce 435 m. Přírodní rezervaci Meandry Lužnice tvoří přirozený tok řeky Lužnice se sítí slepých ramen a tůní v různém stupni zarůstání a zazemnění. V oblasti přírodní rezervace se daří ohroženým a vzácným druhům rostlin. Kolem toku řeky se daří rákosinám a na březích vysychajících tůní se vyskytují ostřice. Na písečných naplaveninách v okolí toku řeky rostou duby letní. V oblasti slepých ramen a tůni můžeme vidět cenná společenstva bezobratlých živočichů, především měkkýšů. Ná území rezervace našly své útočiště různé druhy ptáků.

Tok řeky Lužnice, 7 km dlouhý, a krátký úsek Dračice u jejího ústí s přilehlou nivou, mezi Majdalenou a Suchdolem nad Lužnicí. Přirozeně meandrující řeka a její niva s více než 20 různě velkými tůněmi v různém stupni zazemnění. Extenzivní louky dnes zarůstající náletem dřevin. Řeka je využívána pro vodní turistiku. Přirozený korytotvorný proces je ponechán bez zásahů, pouze je udržována průchodnost toku od padlých kmenů pro průjezd sportovních lodí. V blízkosti ochranného pilíře těžebny štěrkopísků je na omezeném úseku břeh opevněn. Rezervace je přístupná veřejnosti.

Rašeliniště pokryté jehličnatým lesem, 1 km východně od obce Mirochov. Území navazuje na kdysi velmi cenné Příbrazské rašeliniště, které je dnes zcela zničeno těžbou rašeliny. Na podstatné části rezervace se nacházejí rozvolněné porosty blatkového boru. Velice pestrou mozaiku tvoří vypíchaná borkoviště v různém stupni zazemnění, starý systém odvodňovacích kanálů a četná prameniště vytvářející živá slatiniště a rašeliniště. Celá lokalita je útočištěm ohrožené rašeliništní flóry a fauny. Přes rašeliniště vede cyklotrasa č. 1010.

Lesní rašeliniště 3 km východně od Františkova na Třeboňsku, těsně u rakouských hranic. Jedna z nejcennějších lokalit reliktního blatkového boru s podrostem rojovníku na Třeboňsku je konečnou fází přirozeného vývoje rašeliniště v nízkých nadmořských výškách. Rezervace je poměrně obtížně přístupná. Z Františkova je nutné se vydat přes bývalou osadu Nová Ves a po cestě k severu dojdete po pár minutách k západní hranici rezervace.